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住院医师培训的考核必须规范，并逐渐达到标准化的要求。考核分平时考评和阶段考试、各医院自行组织考核和省、市高等学校统一组织的理论考试、计算机考试等不同方式。
按卫生部近年颁布的《临床住院医师规范化培训试行办法》，培训分二个阶段。2009年发布的《住院医师规范化培训标准（试行）》明确说明规范化培训时间一般为3年。
第一阶段
三年，在二级学科范围内，轮转参加本学科各主要科室的临床医疗工作，进行全面系统的临床工作基本训练。
第二阶段
两年，进一步完成轮转，逐步以三级学科为主进行专业训练，深入学习和掌握本专业的临床技能和理论知识，最后一年应安排一定时间担任总住院或相应的医院管理工作。
