水利部密切监视天气过程，及时启动洪水防御Ⅳ级应急响应并于19日升级为Ⅲ级，高频次滚动开展桂江洪水演进及水库调度分析，督促指导地方精细调度水工程，全力应对洪水。水利部珠江水利委员会启动Ⅲ级应急响应，广西壮族自治区水利厅启动Ⅱ级应急响应，桂林市水利局启动Ⅰ级应急响应。水利部门精细调度桂林市上游青狮潭、斧子口、小溶江、川江四座骨干水库，在两次洪峰之间有序蓄泄，全力为下游桂林市拦洪削峰，一度运用至接近或略超设计水位，斧子口、川江两座水库拦蓄至历史最高水位。四座水库共拦洪3.1亿立方米，最大削峰率45%～89%。据初步分析，通过四座水库调度，将桂林江段洪峰水位降低了1.5米左右。

截至6月20日18时，桂江全线仍维持超警态势，干流及支流南溪河、榕津河仍超警0.09～3.81米，预报桂江将于22日下午全线退至警戒水位以下。当前，桂林江段正逐步退水，预报20日20时左右可降至警戒水位以下，城区低洼地带积水正抓紧抽排，下午市区交通已恢复正常。

色漫APP6月11日以来，桂江流域出现两次持续性强降雨过程，累计面雨量301毫米，累计最大点雨量广西桂林过江铺999毫米。受其影响，桂江干流上游桂林江段及支流灵渠、大溶江、桃花江发生有实测资料以来最大洪水，桂江干流全线超警。其中，桂林江段三天内两次发生超保证水位洪水，洪峰呈现前低后高的“双峰型”，18日5时10分，桂林水文站第一次洪峰水位147.55米，高于保证水位0.55米；20日0时55分，第二次洪峰水位148.88米，高于保证水位1.88米，流量6380立方米每秒，水位和流量均列1958年有实测资料以来第1位。