在购票方面，线路将采用“12306+城际铁路公交化多元支付”双票务系统。其中，12306票务系统实现了“当日一次有效”，城际铁路公交化多元支付票务系统则实现了全国交通一卡通、岭南通、羊城通、广州地铁App城际乘车码等多种支付方式进站乘车，旅客搭乘城际铁路将与地铁一样便捷，无需提前购票，实现随到随走，出行时间也将更加灵活。广州地铁提醒，旅客使用城际铁路公交化多元支付票务系统需提前在广州地铁App上进行注册，通过实名制验证后使用城际乘车码，也可凭本人身份证等证件在车站设备上进行实名制验证，使用实体票卡并核验人脸后进站乘车，请广大旅客提前做好出行准备。

为满足不同旅客的出行需求，“四线”贯通运营后将全面启用“站站停+大站快车”公交化运营模式，执行“肇庆站—小金口站”和“佛山西站—小金口站”交路，平均行车间隔为26分钟。其中，大站快车固定停靠肇庆站、鼎湖东站、大旺站、三水北站、佛山西站、番禺站、广州长隆站、东莞西站、西平西站、松山湖北站、常平南站、陈江南站、西湖东站及小金口站共14个车站，旅客可根据自身需求灵活安排出行时间。