长江干线水位快速上涨，沿线水库加快腾库，三峡水库6月25日起增加出库流量。浙江新安江水库将泄洪闸数从5孔增至7孔，受其影响，建德、桐庐、富阳三地截至下午2时，已累计转移安置群众超1.6万人。

截至6月25日8时，全国35条河流发生超警以上洪水，其中3条河流超保证水位。水利部、应急管理部多个工作组分赴长江中下游及东北地区协助指导地方进行防汛抗洪。乌苏里江及松花江流域因前期降水，目前15条河流仍超警，当地加强水情监测和堤防巡查。

前期因暴雨中断的沪昆铁路贵州西段经铁路部门连日排险，6月25日已恢复通行。湖南国省干线公路灾毁阻断22处，已抢通17处，还有5处正在施工。安徽黄山还有18个村组供水中断，当地一方面加强村民用水供给，一方面积极抢修。

伊甸区二二二三三区6月25日，浙江局部地区暴雨持续，部分山区农村公路坍塌冲毁严重，当地正组织抢修清理，争取尽快恢复交通。江西局地暴雨，途经江西省内杭昌高铁、合福高铁、沪昆高铁部分旅客列车停运，已购票旅客可免费办理退票手续。