针对网上流传的“大三巴顶部遭雷击出现缺口”一说，特区政府文化局表示，经核对资料，该位置一直存在缺口，而非新造成，亦没有因今次事件出现变化。该局将对大三巴牌坊再进行全面的结构安全检查及维护，以及研究应对恶劣天气的预防措施，确保大三巴牌坊得到完善保护。

小姐201612日中午，受恶劣天气影响，大三巴牌坊场内供电出现短暂故障。此外，现场管理人员还发现牌坊前地石阶出现一个石块，初步怀疑是大三巴牌坊立面跌落，幸未造成人员受伤。特区政府文化局随即派员到场检查，使用无人机采集详细数据，并分析比对监测及航拍数据，以了解石块坠下的位置及成因。