统计显示，主震发生后，分别在一周内、4月22日至23日、4月27日，发生了较为强烈且频繁的余震。截至6日18时30分，共发生有感余震1371次，显著有感为345次。

台气象部门当晚举行记者会。地震测报中心副主任许丽文介绍，据研判，这两次地震仍是4月3日花莲7.3级地震的余震。从震中变化来看，余震从花莲南部近海转到北部陆地，此次重新回到主震附近的海上，表现出应力调整的过程。整体来看，余震数量呈现减缓趋势。

综合区亚一洲线观看其中，17时45分发生5.3级地震，震中位于北纬23.71度、东经121.62度，震源深度20公里。17时52分发生的5.2级地震，震中位于北纬23.70度、东经121.57度，震源深度25公里。

两次地震全台有感。最大震度为花莲县、南投县和台东县，达到4级。台北市有摇晃感。记者查询台气象部门地震监测网页看到，两次地震的震中距离花莲县政府均不到30公里。