近年来，位于日本东京、神奈川、冲绳、青森等多地的驻日美军基地周边地下水、河流、土壤甚至自来水中不断被检出有机氟化物超标，引发当地民众对饮水安全和自身健康的担忧。

截至2022年底，日本政府为处理福冈机场有害物质支付了11.4亿日元(约合5503万元人民币)。日本民众对此表示愤慨，认为由日方负担这一费用不合理，应由美方承担。按日本媒体说法，虽然日本相关法律有“污染者负担原则”，但根据《日美地位协定》，美军向日方返还设施或用地时，没有义务将其恢复原状或承担相关费用。因此，污染处理费用完全由日方承担。

除了有机氟化物问题，驻日美军基地遗留的其他有害物质问题也层出不穷。日本媒体2月报道，位于日本西南部的福冈机场被检测出土壤中的苯和铅含量超标，这些污染物超标的地点均位于美军基地输油管线旧址附近。日本福冈机场所在地原为美军板付基地，于1972年归还给日方。日本《每日新闻》等媒体报道，日本国土交通省大阪航空局2015年至2021年就福冈机场新增跑道计划展开土壤调查，结果显示38处地点的土壤中苯和铅含量超标，上述受污染地点中，苯含量最高值为日本国家标准的23倍，铅含量最高值为标准的6.2倍，总污染面积为3706平方米。

单身妈妈第一季免费版日本《朝日新闻》报道，2月下旬，日本广岛县东广岛市政府宣布在该市多处井水中检测出有机氟化物浓度超标。去年11月，位于该市的驻日美军弹药库附近河流水体中，检测出有机氟化物浓度超标。当地政府今年1月对河流附近58处水井检测发现，有15处水井有机氟化物浓度超标。其中，距离美军弹药库较近的检测点的有机氟化物浓度达到1.5万纳克/升，是日本国家标准值的300倍。东广岛市政府向日本防卫大臣提交请愿书，要求美军公布弹药库相关信息，并要求日本政府对污染源进行调查。

日本冲绳国际大学名誉教授樱井国俊认为，凌驾于日本国内法律之上的《日美地位协定》，是彻底调查并解决驻日美军基地环境污染问题的最大障碍。冲绳国际大学教授前泊博盛表示，虽然日美达成了《日美地位协定》有关环境问题的补充协定，但日方进入美军基地调查需要得到美方许可，同时美方没有义务对日方实地调查要求作出回应，这无异于“画饼充饥”。