不过，陆委会副主委詹志宏9日在例行记者会上曾表示，经该部门“规劝”，马祖当地已撤销相关代办资讯，没有代办、代收的问题。至于民众申请该卡是否涉及“违法”，他说，有待进一步研议。

台湾淡江大学财金系教授李沃墙12日也在《联合报》“民意论坛”刊发文章《福马同城通 无须扣红帽》。他认为，马祖、金门与大陆咫尺之隔，自“小三通”以来，民众日常生活往来，本就自然形成一个生活圈。民众(申办此卡)是为了生活，却被夹在中间，徒唤奈何。

台当局安全机构相关负责人徐锡祥13日在台立法机构作专案报告时称，已有3000名马祖民众申请“福马同城通”。他提出，马祖当地乡公所协助代办的举动可能涉嫌违反“两岸人民关系条例”，相关情资交由台当局陆委会认定。

午夜67194二线路中新社台北5月13日电 (记者 刘舒凌)台当局安全机构13日称，马祖当地乡公所协助民众代办“福马同城通”，或涉嫌违反台方“两岸人民关系条例”。不过，吴恒宇等台湾学者指，谩骂、围堵只会产生反效果。