《方案》指出，要建立健全问题线索主办、分办、转办和查处工作机制。建立“一案多查”机制，各级卫生健康(疾控)、市场监管、医疗保障等部门在查办医疗机构相关违法行为的同时，要将发现的违法主体上下游关联企业、单位涉嫌违法行为另案处理或通报有管辖权的行政部门，通过部门联动，查办案件中的关联违法行为。

《方案》强调，要严厉打击破坏公平就医秩序的行为。各级公安、卫生健康等部门要对医疗机构内及周边活动的“医托”“号贩子”“黑救护”“黑护工”情况以及涉医谣言和恶意炒作等进行摸排并惩处。同时，要指导医疗机构加强网上挂号系统安全防范，各级市场监管部门要配合有关部门依法加强对从事医疗咨询服务机构的监督管理，将存在违法行为的机构依法依规列入经营异常名录并向社会公示。各有关部门要对违法机构及其法定代表人、负责人依法采取信用惩戒措施。

九一免费版《方案》提出了统筹推进联合监督执法工作机制、突出重点工作联合监督执法、守正创新助力联合监督执法三大项共16条具体举措，并明确了各项举措的责任部门。